麻しんは、空気感染、飛沫感染、接触感染という多岐にわたる感染ルーツによって感染が拡がる唯一ヒトのみが発症する全身性疾患である。その原因ウイルスは麻しんウイルスで単一血清型のウイルスである。免疫がない状態で感染するとほぼ100％発症すると言われている。有効な治療薬はなく、対症療法のみで対処する。しかしながら、麻しんには非常に有効な予防法として、生ワクチンが存在し、広く全世界で使用されている。この有効なワクチンの適正な使用と行政上の有効なマネージメントにより、平成27年3月27日、世界保健機関西太平洋事務局により、日本は麻しん排除状態にあると認定された。平成19、20年には、麻しんの大流行があった日本だが、北海道を含め全国的に麻しんウイルスの検出と分離、遺伝子解析が行われ、その遺伝子型がD5であると同定された。系統樹解析の結果、いくつかの枝に分かれるものの、それ以前から日本で流行しているD5と明瞭な区別をつけることはできなかった。すなわち、日本においてはそのD5が土着株であると認定された。その後、行政指導のもとに大規模なワクチン接種キャンペーンや防遏措置により、患者数が激減した。本D5については平成22年11月以降検出されておらず、日本の土着株であるD5は、日本から駆逐されたといえる。その後もいくつかの小流行はあったが、すべて海外からの輸入株であるこが遺伝子型を決定することに確認されている。このように、流行ウイルスの遺伝子解析を実施することは流行状況を的確に把握するうえで非常に重要であることが証明された。